就北院來看，先釐清「閉館」爭議，吳密察肯定表示，不會全面閉館！「我找建築專家及各單位談的結果，是有一些地方老舊漏水、有粉塵，初步看法不需要過大整修，所以我決定要『穿著西裝改西裝』，這也不算打臉前院長，因為閉館原來就是以前討論中的其中選項，而非決議。」
吳密察指出，文物南遷問題，評估重點是庫房的現況是否需要大幅度搬動文物，履勘過後，認為不需要，所以搬遷不是問題。吳密察引前副館長黃永泰一句行話「半半施工」（半半只是形容，非實際比例），就是一邊施工一邊兼顧展出的形式，與「穿著西裝改西裝」的意思差不多。
因應正館整建期間展示空間變小，現階段可以先進行的，是將圖書文獻大樓2、3樓原研究者的圖書室資料，搬置於至善路南邊的舊衛勤學校（原藝文服務中心預定地），騰出空間加上一樓的展示空間，可做為北院部分展區整修時的替代展覽空間，如此一來，北院整體展覽空間就不會縮小太多；行政大樓的行政人員也同樣搬到衛勤空間，藏品幾乎可以不用移動了。
南院部分，因為BOT解約空出的50公頃，一度讓「國寶館」興建位置的想像空間變大，位置定不下來，進度就遲滯不前。但經建築專家討論後，決定還是蓋在20公頃博物館區，「國寶館」興建位置與功能也都沒有改變，目前已進行先期規劃，要等先期規劃結案後，再委外進行建築設計。