陳其南早於1976年就提出清代台灣漢人移民社會的「土著化」理論，從人類學的角度，說明清代台灣漢人社會的性質，經過一段時間後，經土著化過程轉化為對台灣本土認同的土著社會，不再以中國為根據地，用現代人的觀點，或許可以說是一種在地化的過程。
陳其南把「土著化」概念帶到故宮，提出「飛地土著化」，飛地原是一種人文地理概念，意指在某個地理區境內有一塊隸屬於他地的區域，以故宮來看，是指原來一般人以為故宮與故宮文物，是從北京故宮「飛」到台灣棲居。「飛地土著化」即是從做為一個「飛地」的故宮，成為台灣南島原住民的故宮，到台灣人認為「這是我們的故宮」。（記者凌美雪）